제자반은 1999년 처음 시작되었으며 시작초기에는 세례교인은 채플에 참여하고 비신자 등은‘제자반’에 편성하여 신앙교육을 시행하였습니다. 2013년 통합학사지도교수제 시행 후부터는 2-4학년은 채플 참석으로, 1학년은 학과 교수님을 지도교수로 하여 제자반으로 운영하고 있습니다.
2021년 기준 현재 제자반 학생 수 약1,194명, 75개 소그룹으로 편성되어있으며, 2019년부터는 G&M 문화재단의 지원으로 드라마바이블과 북클럽을 연계한 제자반 운영을 병행하고 있습니다.