圣洁大学的六个学院中，最接近本校建校理念的就是神学院。神学院建立于1962年，已有40多年的历史与传统。设立神学院的目的在于培养基督教大韩圣洁教会的教团牧师，因此神学院一直致力于培养具有教团神学特殊性的上帝的使者。

本校神学院与韩国的很多神学院不同，它是依靠我们民族的力量成立的自发性开拓性教团的教育机构。而韩国国内大部分教团和神学院都是凭借外国资本的力量， 即借力国外传教士而设立的，但圣洁大学神学院不同之处在于它是用韩国民族自己的力量设立的教团。创建基督教大韩圣洁教会和圣洁大学的金应祖牧师不是依靠国外的资本主义，而是依靠民族主义（劝士洪大实捐赠）成立了教团和学校，并从事独立运动。

基督教大韩圣洁教会和圣洁大学神学院的神学思想是四重福音（重生，圣洁，信仰疗法，基督复临）的教理及金应祖牧师的圣经性正统神学思想。

神学院的学生只修完四年的课程很难适应牧会的时代变化，因此本校将本科与神学研究生院进行连接，通过7年的神学教育，培养高品质的神职人员。因此， 在本科的时候本校是以培养学生作为未来的神职人员的基本神学素养来设计课程，在研究生的阶段则开始选修专业神学课程。

神学院以神学思想-圣经的中心教理，即重生，圣洁，信仰疗法及基督降临这四个四重福音为中心，强调圣洁思想。此外神学院还将圣经的福音主义神学作为自己的标准准则。 神学院反对人文主义或自由主义神学，但支持强化福音神学教育。本校的神学院将为培养符合上帝要求的神职人员和基督教的领导者而不断努力。